Les arachnides (hors acariens) sont l’un des groupes les mieux représentés avec 17 espèces sur les deux districts de Crozet et de Kerguelen. Crozet est la plus riche avec 10 espèces (8 araignées, un opilion – Nuncia unifalculata – et un pseudoscorpion – Austrochthonius insularis -) toutes autochtones à l’exception de deux araignées introduites et cantonnées au niveau de la base Alfred Faure. L’arachnofaune de Kerguelen, quant à elle, ne comporte que cinq espèces d’araignées. Les arachnides sont des prédateurs chasseurs, se nourrissant d’invertébrés (autres arachnides, insectes et microfaune du sol). Les opilions peuvent également se nourrir de cadavres ou de débris végétaux.
| Espèces autochtones | Espèces introduites | |
| Araignées | 10 | 5 |
| Opilions | 1 | * |
| Pseudoscorpions | 1 | * |